Optické a fyzikální mapování s lokální konečnou úpravou umožňuje megabázové rozlišení agronomicky významných oblastí v genomu pšenice

V současné době se uvolňuje řada sekvencí na úrovni lešení pro pšenici a v této souvislosti referujeme o strategii pro zlepšení celkové sestavy na úroveň srovnatelnou s lidským genomem. Výsledky: S použitím chromozomu 7A z pšenice jako modelu byly vytvořeny úseky tohoto chromozomu, které jsou výsledkem sekvenčního zpracování megabázového měřítka, kombinací nové nezávislé sestavy za použití fyzikální mapy založené na bakteriálním umělém chromozomu (BAC), sekvenování BAC poolu, chromozom -arm-specific mate-pair sekvenování a Bionano optické mapování se sekvencí International Wheat Genome Sequencing Consortium RefSeq v1.0 a jeho podkladovými surovými daty. Kombinovaná sestava má za následek 18 super-scaffoldů napříč chromosomem. Hodnota hotových genomových oblastí je prokázána pro dvě přibližně 2,5 Mb oblasti spojené s výtěžkem a fenotypem kvality zrna fruktanových sacharidů. Kromě toho, 50 Mb centromerová oblastní analýza zahrnuje cytologická data zdůrazňující důležitost nesekvenčních dat při sestavování této oblasti komplexního genomu. Závěry: Dostatečné informace o sekvenci genomu jsou nyní k dispozici pro pšeničnou komunitu, aby produkovaly sekvenčně ukončené uvolňování každého chromozomu referenčního genomu. Dokončení na vysoké úrovni zjistilo, že řada sedmi genů fruktosyltransferázy podporuje kvalitu zrna a že atributy výtěžnosti jsou ovlivněny pěti doménami F-box-pouze-protein-ubikvitin ligáza a čtyřmi geny pro přenos lipidů. Dokončená sekvence také zahrnuje centromeru.